- Sub Bagian Tata Usaha
Melakukan koordinasi perumusan kebijakan teknis dan perencanaan, melaksanakan pelayanan dan pembinaan administrasi keuangan dan barang milik negara dilingkungan Kantor Kementerian Agama Kabupaten Alor berdasarkan kebijakan teknis yang ditetapkan oleh Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi NTT
2. Seksi Bimas Islam
Melaksanakan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan serta pengelolaan data dan informasi di bidang urusan agama islam dan pembinaan syari’ah, penerangan agama Islam serta pemberdayaan zakat dan wakaf.
Terdapat 6 Kantor Urusan Agama Kecamatan, Yaitu :
KUA Kec. Teluk Mutiara, KUA Kec. Abal, KUA Kec. Pantar Timur, KUA Kecamatan Pantar, KUA Kec. Abad, KUA Kec. Pantar Barat
3. Seksi Pendidikan Islam (Pendis)
Melaksanakan pelayanan dan bimbingan teknis, pembinaan serta pengolaan data dan informasi di bidang Pendidikan Madrasah, Pendidikan Agama Islam dan Pendidikan Keagamaan Islam
4. Seksi Urusan Agama Kristen
Melakukan pelayanan, bimbingan teknis dan pembinaan serta pengelolaan data dan informasi di bidang Urusan Agama Kristen, di bidang kelembagaan, penyuluhan dan budaya keagamaan kristen
5. Seksi Pendidikan Kristen
Melakukan pelayanan, bimbingan teknis dan pembinaan serta pengelolaan data dan informasi di bidang Pendidikan Kristen pada pendidikan anak usia dini, dasar, menengah dan Pendidikan Keagamaan Kristen. Membawahi 3 SMPTK (Sekolah Menengah Pertama Teologia Kristen, 3 SMPTK (Sekolah Menengah Teoligia Kristen dan 1 SMAK (Sekolah Menegah Agama Kristen).
6. Seksi Bimas Katolik
Melakukan pelayanan, bimbingan teknis dan pembinaan serta pengelolaan data dan informasi di bidang Pendidikan Agama Katolik pada pendidikan anak usia dini, dasar, menengah dan Pendidikan Keagamaan Katolik
7. Penyelenggara Haji dan Umroh
Melaksanakan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan serta pengolaan data dan informasi haji dibidang pelayanan, pembinaan dan pengelolaan keuangan haji dan umroh